近日美国胸科学会(ATS)发布了《成人疑诊社区获得性肺炎(CAP)流感以外病毒病原体核酸检测的临床应用指南》。通读该指南有助于理解分子生物学技术诊断呼吸道病原体的价值所在和合理使用，并把握目前该领域的进展、挑战和研究方向，因此“慢阻肺手抄本”加以摘译以飨读者。

        该指南由一个多学科小组提出PICO (Population–Intervention–Comparison–Outcome，人群-干预-比较-结果)问题，在对证据进行系统评价的基础上，采用GRADE方法制定临床推荐意见。

        总体上，就“成人疑诊CAP是否应常规进行呼吸道标本流感以外病毒核酸检测”这一问题，证据质量普遍很低。该指南不涉及SARS-CoV-2的检测。

        Question: In adults with suspected CAP, should routine diagnostics include nucleic acid–based testing of respiratory samples for viral pathogens other than influenza?

        问题：对于怀疑患有CAP的成年人，常规病原体诊断是否应包括呼吸道样本流感以外病毒病原体的核酸检测?

        推荐意见1

        In outpatients with suspected CAP, we suggest not performing routine nucleic acid–based testing of respiratory samples for viral pathogens other than influenza (conditional recommendation, very-low-quality evidence).

        对于怀疑患有CAP的门诊患者，建议不要对呼吸道样本进行常规的基于核酸的检测，以识别流感以外的病毒病原体(有条件推荐，证据质量很低)。

        推荐意见2

        In hospitalized patients with suspected CAP, we suggest nucleic acid–based testing of respiratorysamples for viral pathogens other than influenza only in patients who meet oneof the following conditions (conditional recommendation, very-low-quality evidence):

        对于怀疑患有CAP的住院患者，建议仅在满足以下条件之一的患者中进行呼吸道样本流感以外病毒病原体的核酸检测(有条件推荐，证据质量很低)：

        Patients with severe CAP (i.e., patients with ≥1 major or ≥3 minor criteria) and

        重症CAP患者(即≥1条主要标准或≥3条次要标准的患者)和

        Immunocompromisedpatients (including those with neutropenia, those undergoing active cancertherapy, those with a history of solid-organ or blood-component transplantation, those with advanced HIV disease, or those with a history of chronic use of immunosuppressive medications, including systemic corticosteroids).

        免疫功能低下的患者，包括中性粒细胞减少症、接受癌症治疗、实体器官或血细胞移植病史、晚期HIV感染者或长期使用免疫抑制药物(包括全身性糖皮质激素)。

        证据总结(摘要)：

        总体而言，现有证据的质量非常低。证据不支持：非流感病毒病原体检测与抗菌治疗之间存在显著关系(换言之，目前技术平台尚不足以改变抗菌治疗方案)。一旦开始使用抗生素，使用NAAT鉴定病毒病原体可能会减少抗生素使用的持续时间，但这一发现并不一致。当临床医生可获得病毒PCR结果时，大多数测试结果呈阳性的患者将继续接受抗生素治疗。接受病毒检测或病毒检测结果阳性的住院患者与未进行检测或检测结果阴性的住院患者之间的住院时间没有显著差异。

        Rationale for Suggestion to Not Routinely Perform Multiplex Testing for Noninfluenza Viruses in Patients with Suspected CAP

        建议不要常规对可疑CAP患者进行非流感病毒多重核酸检测的依据

        Limited evidence of altered antibiotic use with viral testing

        病毒检测改变抗生素使用的证据有限(出于报告时间过长、不能排除非细菌感染等)。

        但多项研究表明，鉴定呼吸道病毒可能与较短的抗生素治疗时间有关。与患有细菌病原体或混合病原体的患者相比，仅发现呼吸道病毒的患者使用抗生素的天数更少，并且更有可能接受单剂量抗生素或在48小时内接受更少抗生素治疗。值得关注的是，对这些数据进行二次分析后，哮喘和慢阻肺急性加重的患者可能更多出现这些结果。在一项对住院的CAP患者进行的回顾性研究中，使用NAAT检测出病毒病原体的患者的平均抗生素使用时间也比未检测到病毒的患者要短(4.9 vs. 8.3 d)。但是，在其他研究中，抗生素治疗中位治疗时间无显著差异。未来的研究应考虑将病毒NAAT检测与生物标记物相结合的策略，以期对CAP的抗生素管理产生有意义的影响。(尽管现在还不到常规检测的地步、不应盲目推荐，但对于新技术还是要报以积极态度;随着turnout time缩短、便携式设备等技术进步，有潜力改变抗菌治疗，也有待开展更多研究。)

        Limited evidence of changes in other clinical outcomes

        其他临床结局变化的证据有限

        没有高质量证据可以确定地支持非流感病毒的常规检测与死亡率和住院或入ICU率有关。

        Rationale for Suggestion for Routine Testing in CAP in Certain Hospitalized Patients

        建议对特定住院CAP患者常规进行检测的理由

        Rationale for noninfluenza virus testing recommendation in hospitalized patients with severe CAP

        重症CAP非流感病毒检测的依据

        尽管几乎没有高质量的证据可以在任何情况下强烈支持将分子检测用于非流感呼吸道病毒检测，但专家组认为在某些情况下检测的潜在益处更大。建议对重症CAP患者常规采集呼吸道样本进行流感以外病毒病原体的核酸检测，这是基于对非流感病毒会导致重症CAP的认识不断提高，以及专家组认为检测这些病毒可能对患者诊疗以及医院的抗感染措施产生重要影响。高度敏感和特异的NAAT可以更好地检测呼吸道病毒，从而加深了对重症CAP的流行病学和病原学的理解。在大部分重症CAP病例中检测到非流感病毒，并与重要并发症相关，包括对机械通气的需求增加、对重症监护支持的需求增加以及死亡率增加。实际上，一些研究表明，非流感呼吸道病毒与流感相比，住院死亡率更高。此外，据报道，在高龄、慢性呼吸系统疾病、恶性肿瘤和/或免疫抑制的患者中，非流感病毒比流感病毒引起的CAP更为严重。

        在报告的一系列重症CAP成人中，呼吸道病毒NAAT的阳性率介于9%和41%之间。在大约12%的CAP病例中检测到病毒和细菌混合感染，对于重症CAP，迅速识别所有致病原至关重要，对于他们而言，延迟恰当抗生素和抗病毒药物的选择可能会带来严重后果。专家组一致认为，在重症CAP的患者中检测非流感病毒或病毒和细菌混合感染可促进恰当的抗生素使用和/或降级以防止ICU中抗菌药物的过度使用，因为ICU中的抗菌药物使用率明显高于其他环境。专家组明确支持根据IDSA/ ATS重症CAP标准的疾病严重程度进行患者分层，而不是基于医院病房设置或单位类型，因为这可能因医院和实践而异。

        Rationale for testing recommendation in hospitalized immunocompromised patients

        免疫功能低下住院CAP患者推荐检测的理由

        免疫功能低下的患者在发生感染性肺炎综合征后死亡的风险特别高。该人群可能包括患有遗传性或获得性免疫缺陷或药物诱发的中性粒细胞减少症，例如积极接受化疗的癌症患者、HIV感染且CD4计数<500细胞/ mm3的患者以及实体器官移植或HSCT受者。

        即使在有症状的免疫功能低下患者中，使用基于培养的技术从BAL液中诊断致病原的效率仍然很低。由于免疫受损宿主在呼吸道病毒感染后有进展或死亡的风险，因此早期识别病毒感染可能对治疗有益。尽管需要进行前瞻性随机研究得出更好的结论，非流感呼吸道病毒(例如RSV和腺病毒)在免疫功能低下的患者中具有增强的致病潜力，如果最初的上呼吸道标本测试结果为阴性，则可能需要实施有创标本采集和检测。

        因此，专家组支持对免疫受损人群CAP常规检测非流感呼吸道病毒。但是，应同时认识到检测的益处可能会受到某些关键因素的限制。首先，尽管使用西多福韦治疗腺病毒和口服或吸入利巴韦林治疗RSV肺炎，但只有抗流感药物才具有FDA批准的免疫功能低下成人呼吸道病毒感染的适应症。其次，在病毒性炎症不处于活化状态或轻微的情况下，免疫受损宿主排病毒的时间延长可能导致过度诊断和过度治疗。最后，在缺乏细菌核酸检测的情况下，由于BALF细菌培养诊断率低，临床医生可能不愿意停用抗生素。与非免疫功能低下患者相同，目前没有证据表明病毒呼吸PCR panel会改变免疫功能低下患者CAP抗菌药物的处方模式。鉴于这些局限性，专家共识是建议在某些存在呼吸道病毒感染死亡高风险的免疫功能低下患者中，考虑对呼吸道样本进行基于核酸的检测以识别流感以外的病毒病原体，该检测的效用将在很大程度上取决于新的有效抗病毒疗法的开发。(一项病原学检测技术是否“有用”受到多种因素影响，随着时间、环境的不同而会有不同回答)

        其他考虑

        对抗病毒药物使用的影响

        流感以外的呼吸道病毒病原体会给疾病带来重大负担，并导致高危患者的预后不良。尽管感染这些病原体的标准治疗通常仅限于支持性治疗，但某些患者可能可以接受抗病毒治疗或使用病毒特异性免疫球蛋白进行被动免疫，这支持了专家组建议对高危患者进行病毒病原体检测。

        例如，RSV是急性上呼吸道疾病的常见原因，通常会导致老年人和免疫力低下的人更加严重的疾病和住院。尽管目前尚无成人RSV治疗的正式指南，但根据主要的观察数据，雾化使用利巴韦林雾化剂已用于治疗HSCT或肺移植受者的RSV感染。与雾化相比，口服利巴韦林治疗便宜且易于管理，可能是减少进展为下呼吸道感染和死亡率的有效替代方法。目前，几种新的抗病毒药物(presatovir、ALS-008176和RSV604)以及防止获得RSV的单克隆抗体正处于临床前或临床开发的不同阶段。人腺病毒通常是导致成人一过性上呼吸道疾病，但是某些毒株可致严重的病毒性肺炎爆发。此外，HAdV能够在免疫抑制期间建立潜伏感染并随后重新激活，从而导致肺炎和播散。抗病毒药的临床经验有限，但是根据体外活性和观察数据，西多福韦已被用于治疗重症HAdV疾病。溴西多福韦(brincidofovir)的安全性和有效性试验正在进行中。

        其他呼吸道病毒，例如人类偏肺病毒、1-4型副流感病毒、鼻病毒/肠病毒或人类冠状病毒，也可能在成年患者中引起严重的肺炎，尽管临床上尚无针对它们的活性药物(69、70)。如果将来研发出了针对这些病毒有效药物，它们的检测可能变得更加有益。

        Nonviral Target Pathogens

        非病毒靶病原

        尽管本指南的重点是病毒病原体的检测，但专家组认识到CAP中非病毒病原体检测的临床重要性和诊断挑战。例如， “非典型”细菌病原体(例如军团菌，肺炎支原体和肺炎衣原体)是CAP的常见病因，抗菌治疗可取得较好疗效。在流行地区和高危患者中，结核分枝杆菌的快速分子检测可能会提高诊断准确性，并为感染预防干预提供依据。特定的真菌病原体可能是流行地区CAP的常见原因(例如，美国西南部的球孢子菌病和密西西比州和俄亥俄州河谷的组织胞浆菌病和芽孢菌病)。某些NAAT array也可检测这些病原体，因此可能存在进一步的益处。

        Role in infection control and outbreak management

        在感染控制和疫情管理中的作用

        通过基于核酸的快速检测除流感以外的病毒性病原体，可以通过检测在医院环境中更快、更有效地实施感染控制措施和预防医院内暴发。或者，当怀疑呼吸道病毒感染时，快速检测可使得隔离天数减少，因此可带来经济利益。近期研究证实，在针对流感进行快速RT-PCR测试后，隔离的平均天数、接触预防平均天数和飞沫预防平均天数均显著减少。对于其他呼吸道病毒感染，例如RSV，可能会有类似结果。

        研究需求

        (请查阅原文：https://www.atsjournals.org/doi/full/10.1164/rccm.202102-0498ST)。

        参考文献：

        Evans SE, Jennerich AL, Azar MM, Cao B, Crothers K, Dickson RP, Herold S, Jain S, Madhavan A, Metersky ML, Myers LC, Oren E, Restrepo MI, Semret M, Sheshadri A, Wunderink RG, Dela Cruz CS. Nucleic Acid-based Testing for Noninfluenza Viral Pathogens in Adults with Suspected Community-acquired Pneumonia. An Official American Thoracic Society Clinical Practice Guideline. Am J Respir Crit Care Med. 2021 May 1;203(9):1070-1087. doi:10.1164/rccm.202102-0498ST. PMID: 33929301.