一种五联重复序列在分枝杆菌简单序列重复区间分型中的应用研究
苏州大学医学部基础医学与生物科学学院、同济大学附属上海市肺科医院 上海市结核病(肺)重点实验室共同发表论文，旨在分析微卫星5联简单重复序列在分枝杆菌基因组中的分布情况，并评价其简单序列重复区间(ISSR)分型能力，为分枝杆菌的基因分型及流行病学研究提供新的研究工具。研究指出，以(CAGCG)n建立的ISSR分型体系，可用于分枝杆菌种间和种内菌株的遗传多样性分析。该文发表在2012年第35卷第8期《中华结核和呼吸杂志》上。
苏州大学医学部基础医学与生物科学学院、同济大学附属上海市肺科医院 上海市结核病(肺)重点实验室共同发表论文，旨在分析微卫星5联简单重复序列在分枝杆菌基因组中的分布情况，并评价其简单序列重复区间(ISSR)分型能力，为分枝杆菌的基因分型及流行病学研究提供新的研究工具。研究指出，以(CAGCG)n建立的ISSR分型体系，可用于分枝杆菌种间和种内菌株的遗传多样性分析。该文发表在2012年第35卷第8期《中华结核和呼吸杂志》上。
实验菌株为17株分枝杆菌菌株和41株MTB临床分离株，17株分枝杆菌菌株包括分枝杆菌标准株15株、MTB临床菌株1株和MTB无毒株(H37Ra)1株。利用MICdb2.0软件分析微卫星数据库收录的分枝杆菌基因组中5联简单重复序列(CAGCG)n的分布特征，并以该序列为基础设计ISSR引物(5'-CAGCGCAGCGCAGCG-3')，用于分枝杆菌种间和种内菌株的基因分型分析。
结果显示，生物信息学分析显示(CAGCG)n在数据库收录的大部分分枝杆菌基因组中均有较高含量，其中在H37Rv、CDC1551、牛分枝杆菌和鸟分枝杆菌基因组中出现的次数分别为40、39、39和33次，且主要分布在编码序列区(分别为39、36、38和30次)。ISSR引物对分枝杆菌菌种的基因分型分析显示，15种常见菌种聚为2大簇，第1簇含有2个亚型，第2簇含有4个亚型，种间表现出高度的遗传多样性；ISSR引物对MTB临床菌株的分析结果显示，41株菌株聚为2簇，各簇分别有2个亚型，提示该引物对种内菌株也表现出良好的分辨力。
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