据对2011年在美国国立卫生研究院的肺炎克雷伯氏菌爆发的一项新的研究报告，在医院中出现耐药菌感染爆发时对该细菌进行全基因组测序可对感染控制的工作有帮助。在该次感染爆发的18位病人中有6人死亡。

　　由于对床位所在位置的一项仔细的分析没有揭示有关该细菌是如何在病人间传播的线索，Evan Snitkin及其同事转而用全基因组测序来拼凑出所发生的情况。因为在该细菌繁殖时，肺炎克雷伯氏菌的基因组中的6百万个核苷酸——DNA的构建块——中只有少数会有变化，该差异足以让该研究团队跟踪细菌的传播。

　　研究人员对采自每位患者的细菌样本进行了基因组侧序并发现，该次爆发最初来自一位患者，该患者在另外一个受到感染的病人被发现之前3个星期就离开了医院。

　　该演变中的细菌的DNA变化给研究人员一种基因的时间邮戳，揭示了肺炎克雷伯氏菌最初是从病人-1传播给病人-3的。病人-3接着将该细菌暴露给了病人-2，而病人-2有着被削弱的免疫系统并比病人-3病得更快。此外，这些数据证实，病人-4不是由病人-2或病人-3感染的，而是更为直接地由病人-1感染的。

　　该研究团队将这些感染之一追踪至某一台呼吸机上的污染，该呼吸机已经受到了严格的清洁。

　　这些结果提示，对在重症监护病房中常常感染病人的细菌进行实时全基因组测序可提高对细菌的侦测能力并可能改善对医院中感染爆发的控制。

Article:"Tracking a Hospital Outbreak of Carbapenem-Resistant Klebsiella pneumoniae with Whole-Genome Sequencing," by E.S. Snitkin; P.J. Thomas; J.A. Segre at National Human Genome Research Institute in Bethesda, MD; A.M. Zelazny; F. Stock; D.K. Henderson; T.N. Palmore at National Institutes of Health Clinical Center in Bethesda, MD; NIH Intramural Sequencing Center Comparative Sequencing Program at National Institutes of Health Intramural Sequencing Center in Bethesda, MD.

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