Science: 利用HI-C 3D基因组组装虫媒基因组
作者：佚名 来源：MedSci 日期：2017-04-17
导读
近日，来自美国休斯顿贝勒医学院基因组中心的研究人员报道了一项利用Hi-C技术进行3D基因组组装技术研究传播寨卡病毒的蚊虫基因组的研究，相关研究成果刊登于国际杂志Oncotarget上。
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虫媒基因组
近日，来自美国休斯顿贝勒医学院基因组中心的研究人员报道了一项利用Hi-C技术进行3D基因组组装技术研究传播寨卡病毒的蚊虫基因组的研究，相关研究成果刊登于国际杂志Oncotarget上。
研究人员利用一种名叫“3D基因组组装”的突破性技术，组装出了传播寨卡病毒和西尼罗病毒的两种蚊虫的3条染色体。研究人员Hi-C数据与现有的草稿组合进行组合，以生成染色体长度的scaffold。并且通过组装人类基因组(从头到尾)从单纯阅读(67X覆盖)来验证这种方法。然后研究人员用该方法与草图序列相结合，以组装埃及伊蚊和致倦库蚊的基因组。这些组件表明，这些物种中几乎所有的基因组重排都发生在染色体臂内，而不是在染色体臂之间。
该研究表明，研究中所描述的基因组装配程序快速，便宜，准确，并可应用于许多物种。
原始出处：
Dudchenko O, Batra SS, Omer AD, et al.De novo assembly of the Aedes aegypti genome using Hi-C yields chromosome-length scaffolds.[J]. Science , 2017.
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