肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma，ccRCC)中，SETD2（组蛋白甲基转移酶）的分子特征

Molecular characterization of SETD2, a histone methyltransferase, in clear cell renal cell carcinoma (ccRCC).

背景：虽然von Hippel-Lindau (VHL) 肿瘤抑制因子在60%的ccRCC中突变，在老鼠中VHL的删除不足以导致肿瘤生成。对ccRCC肿瘤的序列分析发现SETD2突变，即组蛋白H3赖氨酸36 (H3K36) 甲基化转移酶。我们假设SETD2甲基化转移酶活性缺失减少ccRCC中H3K36甲基化(H3K36Me3)，并且有助于癌症表现型。方法：在野生型和SETD2突变的肾切除术组织中定量分析H3K36Me3免疫组化(IHC)染色。为了确定SETD2杂合性缺失(loss of heterozygosity，LOH)的频率，从51个VHL缺失的ccRCC标本中提取基因组DNA，并且用Affymetrix单核苷酸多形性(SNP)列阵进行分析。为了在晚期ccRCC中评估组蛋白修饰的改变，包括28个配对的ccRCC标本与未受影响的肾实质和40个转移的组织芯片(TMAs)的H3K36Me3 IHC被定量分析。在肾切除标本上进行染色质免疫沉淀(ChIP)序列分析以辨认肾脏特异的H3K36Me3结合位点。结果：与未受影响的肾脏组织比较，在SETD2截断突变的肾切除标本中H3K36Me3减少(>50%)。 使用SNP列阵在>90%被测试的肿瘤中发现染色体3p (VHL和SETD2基因的位点)的LOH。当与被匹配的毗邻未受影响的肾脏组织比较时，IHC揭示在原发ccRCC和转移中H3K36Me3阳性细胞核分别减少27.4%和52.0% (p<0.0001)。使用ChIP序列分析发现421个和1,718个基因组区域在肿瘤和未受影响的肾脏组织上调。结论：在来自SETD2截断突变患者的组织中H3K36Me3减少，表明SETD2是一个非冗余的H3K36甲基转移酶。VHL和SETD2 LOH发生于>90%的被测试ccRCC肿瘤。富集H3K36Me3结合的基因组区域在另外的患者组织中被确认。H3K36Me3在原发ccRCC下降，在转移中下降更多，建议SETD2甲基转移酶活性在RCC中逐步被误调。SETD2活性缺失可能与VHL沉默协作促进肿瘤的发生。