基于连接和模板转换的小RNA文库制备方案对生化酶的比较分析
作者：MedSci 来源：Medsci梅斯 日期：2020-01-03
导读
小RNA是调控基因表达和分化的关键分子。然而，许多不同种类的小RNA (sRNAs)具有不同的生物发生途径，因此可能具有不同的生化特性。为了通过深度测序分析sRNAs，互补DNA合成需要对RNA分子本身进行操作。因此，由于生化标准的存在，建文库过程中的酶活性会对文库的内容产生偏差。
小RNA是调控基因表达和分化的关键分子。然而，许多不同种类的小RNA (sRNAs)具有不同的生物发生途径，因此可能具有不同的生化特性。为了通过深度测序分析sRNAs，互补DNA合成需要对RNA分子本身进行操作。因此，由于生化标准的存在，建文库过程中的酶活性会对文库的内容产生偏差。
我们比较了四种不同的RNA制备文库操作：(a)基于连接的方法仅允许5'-单磷酸化RNA进入文库，(b)基于连接的方法允许额外的5'-三磷酸和Cap结构，(c)基于连接的，基于模板转换的文库制备，和(d)基于模板转换的库制备，使3'-磷酸化的RNA进入文库。
我们的数据显示，依赖连接和依赖连接的文库在它们对单个sRNA类(如microRNA(miRNA)，Piwi相互作用RNA(piRNA)和转移RNA片段)的偏好方面存在很大差异。此外，两种方法的miRNA组成不同，经过焦磷酸酶处理后可以识别出更多的microRNA亚型(isomiRs)。piRNAs在模板转换库中得到了丰富，这一过程显然包含了更多不同种类的RNA。
我们的数据表明，两种方法的miRNA组学几乎没有可比性。基于连接的文库丰富了典型miRNA，可能是适合miRNA组学研究的方法。模板转换库包含数量增加的片段和长RNAs的不同组成。连接无关的文库似乎显示了一个更真实的sRNA表达谱，对生化修饰的偏倚更低。
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