去年6月，一名43岁的妇女，因肺部疾病入住马里兰州贝塞斯达的国家卫生研究院临床中心。医师已了解她携带一种具有高度耐药性的肺炎克雷伯氏菌——该菌虽然未使她致病——医师也把她安排在隔离病房。该妇女出院时，没有其他人似乎已被该菌感染。然而，几周以后，发现另一个患者携带了这种细菌，随后的3个月期间，12个重症监护患者感染了它。其中，6个患者确定死于该菌的感染。

　　医师们用通常的方法，不能了解这次感染爆发的原因：病床位置的调查表明，第一个患者没有直接接触过其他任何人，况且，从理论上讲，克雷伯氏菌可能存在着多次被引入医院的机会。因此，医师们转向细菌的基因组寻找答案。这一方法，称为基因组流行病学，根据一项新的研究，该方法有助于医师们，跟踪这种细菌及其引起疾病的途径和挽救生命。

　　基因组流行病学，利用细菌分裂时累积的突变事实进行分析。因此，细菌基因组细微的差异——其遗传密码往往只有1个或2个字母或碱基对——从第1个患者到第2个患者。通过对患者体中细菌的全基因组测序，发现这些细微的差异，研究人员可以以前所未有的精度跟踪微生物的运动。该技术已用于重建世界范围内耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的传播模型，以及确定海地爆发霍乱的源头。

　　这，也帮助了贝塞斯达医院的医师们。对所有患者的这种细菌的基因组比较后，表明6月份女患者入院使这次感染确实开始了；研究人员指出，这种细菌已由她3次独立地传染给了其他的患者。医院的传染病医师塔拉·帕摩尔（Tara Palmore）说，显然，研究人员对传播发生的方式不了解。她说：“当我们意识到有更多的人接触过这种细菌，我们就开始检测医院中的每一个人的带菌状况。”在这种方法的帮助下，确定了重症监护病房外的患者多达4个，科学家们今天（8月22日）在线报告于《科学转化医学》杂志。患者很快地被隔离起来，帕摩尔确认这样可阻止该病菌的进一步传播。

　　只是这种微生物是如何传播的，仍然不清楚。帕摩尔认为，这种细菌主要地是通过医师的手传播的。重症监护病房外专门派驻1人，以确保每一个进入监护病房的人，都要经过24/7卫生程序的处理。这表明，细菌可能已在物体的表面或医疗设备上形成了克隆，并也以同样的方式传播。帕摩尔说：“人们普遍认为，在这样的环境中，细菌是不会真正地存活的，但我们却在6个水槽的下水口和一个通风装置中发现了它们。”

　　英国剑桥大学的微生物学家沙龙·皮考克（Sharon Peacock），他没有参与这一研究，他说：“这项小型研究证明，全基因组测序，对疫情调查和监测具有潜在的能力。”德国明斯特大学医院传染病专家达格·哈尔姆森（Dag Harmsen）说，这是“进一步证明，对医院环境中的病原体，应用基因组测序的时机已经成熟。”他补充说，该论文也强调了像肺炎克雷伯氏菌那样的革兰氏阴性细菌的危险性。在许多患者中，这种细菌对任何可以利用的抗生素都不敏感；甚至，只在所有其他抗生素无效情况下，才使用的一个老化合物多粘菌素，也没有效。哈尔姆森说：“这甚至比MRSA更令人吃惊，因为你再也没有什么药物来治疗这些患者。”自这次感染爆发以来，该医院的每一个患者都要经过这种危险病原体的检查；到目前为止，已经发现1个更具耐药性的克雷伯氏菌感染病例，虽然，这是一个不同的菌株。

　　帕摩尔说，基因组流行病学，使医院可更容易地处理类似的感染爆发。她说：“现在，许多学术中心有能力做到这一点。”一个基因组测序的费用，不断在降低；去年爆发期间，科学家们仍然每个基因组测序支付了约2000美元；现在，将更接近500美元。但是，皮考克告诫道，这仍然需要生物信息学专家化费数周时间，来解释这些数据。“这项技术，在自动解释工具可以使用以前，将仍然不适于在临床实践中作为常规应用。”