根据新的功能性下丘脑性闭经(FHA)诊治指南，应在发病后6个月内评估骨骼健康。)指南作者——辛辛那提儿童医院医学中心的Catherine M. Gordon医师在接受采访时表示，倾向于采用双能X线吸光法(DXA)测定骨矿物质密度(BMD)。

在维持BMD的现有治疗手段中，在常规营养和运动干预后给予短期经皮E2治疗加定期口服孕酮的方案已经应用了相当长一段时间，但未能重建月经周期。双膦酸盐、地诺单抗、睾酮和瘦素也可用于改善BMD，而重组甲状旁腺激素1-34(rPTH)被推荐用于罕见的极低BMD患者。

Gordon医师认为，不应采用口服避孕药诱导月经或改善BMD。“一些临床医师可能会对‘复合口服避孕药不能保护功能性下丘脑性闭经(FHA)患者的骨骼’这一结果感到意外。我们基于相关数据，认为短期经皮雌激素可能有助于部分长期闭经患者维持月经。”她还指出，在一些年龄的女性中，FHA可能掩盖多囊卵巢综合征的症状和体征。因此医务人员应当理解到，同一例患者可能同时被诊断出两种疾病。应当检测这类患者的基线BMD指标，并且对接受外源性促性腺激素治疗的不孕症患者进行临床监测。

总体而言，FHA是一种“排除诊断”，这意味着必须首先排除潜在的病变。重要的是，在确定闭经由能量摄入不足、运动过度或压力过大引起之前，要首先考虑其他病因。根据该指南，仅当月经周期间隔持续超过45天，或者闭经达3个月时，才进行FHA评估。对于怀疑FHA的患者，应筛查可引起不排卵的心理压力源。

在尝试诊断FHA时，医务人员应获取详细的个人史，重点包括：饮食，进食障碍，运动和田径训练，态度(例如完美主义和对社会认可的高需求)，进取心和对自己、他人的期望，体重波动，睡眠模式，压力源，情绪，月经模式，骨折和物质滥用情况。还应评估家族史。不过，一旦作出FHA的诊断，即应帮助教育患者了解月经周期，使其明白月经周期不规律并非意味着不能怀孕。

Gordon医师强调，诊治FHA最重要的是采用多学科协作的方法。“这些青少年和女性的治疗支柱是密切关注营养、运动并通过心理支持缓解压力，这些最好通过多学科小组实现。”

根据新指南，任何合并严重心动过缓、低血压、体位性低血压或电解质失衡的FHA患者均应住院治疗。能量失衡可影响下丘脑-垂体-卵巢(HPO)轴的功能，因此纠正能量失衡是优先考虑事项。对于青少年和无妊娠需求的女性，建议给予孕酮冲击治疗。如患者诉称慢性头痛、呕吐或视觉/渴感问题，也可行颅脑MRI。

该指南为希望受孕的FHA患者提供了多种选择。脉动式促性腺激素释放激素(GnRH)应作为首选治疗，其次是促性腺激素治疗，后者应尽可能慎用。在特定情况下也可使用克罗米芬，认知行为治疗也是一种可行的选择，不过指南注明仅有一项较小规模研究提供了该疗法有效的证据。在任何情况下都不应采用神经激肽B和瘦素治疗不孕症。