椎间盘退变相关的基因芯片表达谱数据研究
作者：杨艳辉 整理 来源：
日期：2016-04-15
导读
近期，北京军区总医院骨科研究人员发表论文，旨在通过对已公开基因芯片表达谱数据进行研究，探究正常及退变椎间盘组织间的基因表达差异，并对差异表达基因所涉及的生物学过程进行预测分析。研究指出，本研究结果显示椎间盘退变过程中存在大量基因的异常表达，这些差异表达基因相关的生物学过程也出现明显异常，某些生物学过程的异常改变可能在椎间盘退变过程中扮演了重要角色。该文发表在2016年第05期《海南医学》杂志
近期，北京军区总医院骨科研究人员发表论文，旨在通过对已公开基因芯片表达谱数据进行研究，探究正常及退变椎间盘组织间的基因表达差异，并对差异表达基因所涉及的生物学过程进行预测分析。研究指出，本研究结果显示椎间盘退变过程中存在大量基因的异常表达，这些差异表达基因相关的生物学过程也出现明显异常，某些生物学过程的异常改变可能在椎间盘退变过程中扮演了重要角色。该文发表在2016年第05期《海南医学》杂志上。
经GEO数据库选取与椎间盘退变相关的基因芯片表达谱数据GSE23130，对GSE23130包含的样本数据进行质量分析，选取GSM569833等10例样本数据纳入实验。采用Gene Spring 13.0软件对正常及退变样本间差异表达基因进行筛选，针对差异表达基因构建聚类分析树及热图，并采用GO分析、KEGG PATHWAY分析及DAVID功能注释簇集分析等方法对差异表达基因进行生物信息学分析。
筛选出差异表达基因3 182个，其中1 735个基因在退变椎间盘内表达上调，1 447个表达下调。针对差异表达基因进行的生物信息学分析发现了VEGF信号通路、激活T细胞的核因子等数个存在研究价值的生物学过程。
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