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Nature：结直肠癌的全基因组分析发现PHF19和TBC1D16是致癌的超级增强子

作者：舒雅（编译）来源：金宝搏网站登录技巧日期：2022-02-08

导读

结直肠癌是世界上最常见的癌症之一。虽然结直肠癌患者组织的基因组突变和单核苷酸多态性已经被广泛研究，但其表观基因组状态仍然不清楚。在此，结合基因组和转录组分析，我们使用测序技术（ChIP-Seq）在全基因组水平上对结直肠癌配对患者组织(同一患者的肿瘤和邻近组织)的活性增强子进行了分析。

关键字：结直肠癌 | 肿瘤

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为了建立CRC患者组织活性增强子的全面基因组视图，我们共收集了80对CRC患者的组织(肿瘤及其邻近组织)。组织采集自武汉大学中南医院(中国武汉)接受手术治疗的患者，采集时无特定标准。患者主要来自华中地区，特别是湖北省。我们优化了ChIP-Seq技术协议，并对这些样本进行了H3K27ac 测序技术，以及相应的mRNA和输入DNA测序。部分样本在研究中失败，最终我们从74个CRC组织和73个本地组织获得了高质量的测序数据，其中73对配对(图1A，补充图S1，补充数据1)。我们还对43对组织进行了H3K4me3测序。我们总共产生了524个高质量的测序样本，包括147个H3K27ac, 86个H3K4me3, 144个RNA-Seq和147个基因组测序样本(Sup. Data 2)，这为CRC研究提供了重要的表观基因组信息。