目前，早期乳腺癌(EBC)患者的管理模式正在从辅助治疗向新辅助策略进行转变，并作为更具侵袭性的亚型乳腺癌患者的治疗标准。比如，新辅助全身治疗(NST)最初用于降低局部晚期肿瘤的分期，但通过其在手术可及性、促进保乳手术和减少淋巴结切除范围等方面发挥的作用，现已可以用来改善手术结果。而NST的应用则使得体内的化学敏感性测试能够进一步体现预后，其测试结果可用于指导后续治疗决策。

而对于未达到pCR的三阴性乳腺癌(TNBC)和人表皮生长因子受体2(HER2)阳性亚型患者，新辅助治疗后升级的新模式正在出现。最近的试验表明，在这种情况下，卡培他滨辅助治疗TNBC和曲妥珠单抗emtansine治疗HER2阳性疾病均显示出了相应获益。

遗憾的是，尽管侵袭性疾病的根除治疗对预后有积极影响，但仍有不少接受NST方案后达到pCR的患者最终仍出现了复发。一项纳入5项新辅助试验，2188名pCR患者的大型分析显示，所有患者5年无病生存率（DFS）大约为87%；这也与近期一项荟萃分析报告的结果相似。在来自临床试验或队列研究的5748名pCR的患者中，5年无事件生存率(EFS)为88%。同时在该分析中，TNBC(90%)或HER2阳性亚型(86%)pCR患者的5年EFS也显著低于激素受体(HR)阳性疾病(97%)患者。

目前pCR患者的复发风险与几个临床病理学和人口统计学变量相关，包括更晚期的原发性肿瘤分期或淋巴结转移分期、HER2阳性、年轻和临近绝经。而尽管可依靠这些因素可对仍处于高风险的pCR患者进行前瞻性识别，并有针对性地使用强化后新辅助治疗和/或更严格的监测方法，但关于pCR后是否会出现复发的预测目前仍无法实现。

另外，乳腺肿瘤及其微环境的分子和免疫学特征是治疗效果和预后的重要决定因素。在新辅助治疗中，pCR的实现由肿瘤淋巴细胞浸润程度以及肿瘤转录组学特征预测，包括内在亚型和参与增殖、免疫调节和细胞信号传导的基因表达。然而，关于这些参数对pCR19复发风险的影响的数据同样有限。

为了确定与pCR后复发相关的转录组变化，我们调查了自身数据库中实现pCR的4500名乳腺癌患者，对同一研究队列患者原发性和复发性乳腺癌的基因及其表达进行了比较（个体内比较）。此外，我们还评估了原发性乳腺癌患者与未复发患者之间的基因表达（个体间比较）。

个体内分析显示，与原发性肿瘤相比，复发性肿瘤中的雌激素受体信号特征表达较低（logFC=-0.595；P=0.022)。远处转移患者的复发性肿瘤也表现出免疫相关表达参数的表达降低。

在个体间分析中，在任何复发（logFC=-0.819；P=0.030）或远处复发（logFC=-1.151；P=0.013）的患者中，原发性肿瘤主要组织相容性复合体II类的表达低于对照组。较晚远处复发的原发性基因也比对照组具有更大的同源重组缺陷（logFC=0.649；P=0.026)。尽管在进行回归校正后尚没有任何关联仍保持统计学意义，但结果分析仍然表明，转录组分析具有潜在的预后价值，并且可能有助于为有复发风险的EBC选择最佳治疗方案，并值得进一步研究。